IOUQMER - Incidence des organisations urbaines sur la qualité microbiologique des eaux de ruissellement et la dissémination de l'espèce pathogène Pseudomonas aeruginosa (2016)

Scientific description

Résumé du projet

Les agglomérations urbaines accumulent et concentrent de nombreux polluants. Paradoxalement, bien que l’urbanisation apparaisse de plus en plus comme formation d’écosystèmes ayant des impacts globaux, l’écologie urbaine reçoit peu d’attention, notamment en ce qui relève des problématiques de santé et d’hygiène dont la contamination microbiologique en ville hors milieux hospitaliers. Récemment, des recherches ont été initiées sur cette thématique. La prévalence de certaines formes bactériennes pathogènes a été investiguée en fonction de certaines activités e. g. métro de New York. De nouvelles données acquises en 2016 par les porteurs du projet IOUQMER ont également permis de démontrer la présence du sous-clade PA7 de l’espèce pathogène Pseudomonas aeruginosa sur l’agglomération lyonnaise. Des isolats de ce sous-clade n’avaient pas été référencés, à ce jour, en milieu naturel, sur le territoire français, et, au niveau mondial, les données sur sa dissémination environnementale sont très limitées.
Ce projet cherchera donc à préciser les dangers microbiologiques pour les urbains en termes de contaminations d’origine fécale/urinaire mais également en termes de prévalence de l’espèce P. aeruginosa et du sous-clade PA7. Ces dangers seront remis dans le contexte des organisations et activités urbaines, et des phénomènes de dissémination favorisés par le ruissellement en ville. Le projet s’appuiera expérimentalement sur le bassin-versant industriel Mi-Plaine de la Métropole de Lyon ayant permis d’observer le sous-clade PA7. Il permettra (i) d’inférer les pratiques ou morphotypes urbains favorables à la dissémination de ce sous-clade et explicatives de la différentiation de certaines lignées (génomique comparative), (ii) d’établir des corrélations ou relations entre la présence de ce sous-clade et des bactéries d’origine fécale/urinaire voire des formes pathogènes ou antibio-résistantes, et (iii) de fournir, in fine, un outil permettant aux instances locales d’inférer les zones nécessitant une surveillance ou une action en termes de réhabilitation pour des raisons de prévention et réduction des expositions à certaines formes pathogènes. Ce projet sera réalisé par un consortium regroupant des microbiologistes, socio-urbanistes, statisticiens, et hydrologues urbains. Ce projet avait été soumis en 2015. Il a été recentré autour de l’hypothèse d’une urbanisation du sous-clade PA7.